GCB 2012: die German Conference on Bioinformatics in Jena

Bereits seit den achtziger Jahren gibt es Konferenzen, bei denen es gleichermaßen um Biotechnologie und Informatik geht. Seit 1993 gibt es die German Conference on Bioinformatics, die als GCB 2012 in diesem Jahr in Jena stattgefunden hat. Nicht zum ersten Mal, denn auch 1994 ist man schon einmal hier gewesen. Angesetzt wurde die Konferenz für vier Tage im September, wobei es ein umfangreiches Programm gab, das sowohl Workshops und Präsentationen als auch Keynote-Vorträge bot.

Mehrere hundert Wissenschaftler waren vor Ort, um sich zur Bioinformatik auszutauschen, die mit jedem Jahr immer größere Schritte geht und an Bedeutung dazu gewinnt. Es handelt sich um eine interdisziplinäre Wissenschaft, die sich lebenswissenschaftlichen Problemen mit der Hilfe von Computern annähert. In diesem Rückblick gibt es ausführliche Informationen zur GCB 2012 Konferenz in Jena.

Die deutsche Konferenz für Bioinformatik 2012 in Jena

Die Bioinformatik ist ein spannendes Feld, das ganz unterschiedliche Gebiete in der Forschung umfasst. Grundsätzlich werden dabei biologische Probleme mit technologischen Mitteln des Computers angegangen, was auf ganz unterschiedliche Weise geschehen kann. Wie vielseitig die Bioinformatik im Jahr 2012 aussieht, hat sich jetzt auf der German Conference on Bioinformatics 2012 in Jena gezeigt. Vor einem Jahr traf man sich in Weihenstephan, dieses Mal ging es vom 19. bis zum 22. September 2012 nach Jena. Nicht zum ersten Mal, denn auch 1994 ist man schon einmal in der Stadt gewesen. Bis zum 7. Juni hatten die Teilnehmer Zeit, um Papers einzureichen.
 
Ausgerichtet wurde die diesjährige Konferenz vom Jena Center for Bioinformatics, die mit der German Society for Chemical Engineering and Biotechnology sowie der Society for Biochemistry and Molecular Biology zusammenarbeitete. Die Eröffnung fand im Atrium der Universität statt. Die Hauptkonferenz fand auf dem Ernst Abbe Platz Campus der Friedrich Schiller Universität Jena statt. Auf dem Beutenberg Campus wurden die Satelliten-Workshops angeboten. Da es auch viele internationale Gäste gab, wurde die Konferenz in englischer Sprache gehalten.

Das Programm der GCB 2012

Über die vier Tage verteilt, gab es ein umfangreiches Programm, das ganz unterschiedliche Punkte und Inhalte umfasste. Nach der Eröffnung um 9 Uhr am Donnerstag durch Professor Dr. Klaus Dicke, dem Direktor der Universität, und Stefan Schuster und Sebastian Böcker wurde direkt der erste Keynote Vortrag gehalten. Martin Vingron vom Max Planck Institute for Molecular Genetics in Berlin sprach zum Thema “Computational regulatory genomics”. Im Anschluss folgten die beiden Vorträge “Dynamic modeling resolves complex hormonal crosstalk in infected plants” von Muhammed Naseem, Dominik Schaack und Thomas Dandekar sowie “Two new perspectives on NAD metabolism” von Toni I. Gossmann und weiteren.
 
Nach einer Kaffeepause ging es mit drei Vorträgen weiter, unter anderem “Image-based systems biology: A quantitative approach to elucidate the kinetics of fungal morphologies and virulence” von Franziska Mech und Marc Thilo Figge. Nach der Mittagspause folgte der nächste Keynote-Vortrag. Oliver Fiehn von der University of California sprach zu “Comprehensive metabolomic databases and annotation workflows: The U.S. West Coast Metabolomics Center”. Es folgten noch fünf weitere Vorträge an diesem Tag, ehe am Abend das erste soziale Event stattfand, bei dem man gemeinsam die Innenstadt von Jena entdeckte.

Das Freitagsprogramm der GCB 2012

Am Freitag ging es direkt um 9 Uhr weiter mit der German Conference on Bioinformatics. Erik van Nimwegen von der University of Basel hielt den Keynote-Vortrag “A democracy of transcription factors: Inferring transcription regulatory interactions from high-throughput data”. In derselben Session folgten die Beiträge “How little do we actually know? – On the size of gene regulatory networks”, “Out of (transcriptional) control? Design principles of the regulatory network controlling metabolic pathways in Escherichia coli” und “Building and documenting workflows with Python-based snakemake”. Fünf weitere Vorträge gab es an diesem Tag. Außerdem auch noch einen sechsten von Keynote-Speaker Arndt von Haeseler von den Max F. Perutz Laboratories Wien zum Thema “Exploring the sampling universe of RNA-seq”.
 
Am Nachmittag gab es eine gesponserte Präsentation, die von Ernst M. Mutke von HMK-Supercomputing gehalten wurde. Es ging um “Better computing for better informatics”. Der Vorabend bot zudem auch noch eine Poster-Session. Auch am Samstag ging es mit Vorträgen weiter. Die beiden Keynote Vorträge waren “Structural proteome sacel prediction of protein-protein interactions using interfaces” von Ruth Nussinov und “The draft genome sequence of Amborella trichopoda sheds light on the ancestral angiosperm genome” von Claude dePamphilis. Zur Mittagszeit wurde die Bioinformatik Konferenz beendet, nachdem noch der Award für das beste Poster verliehen wurde. Im nächsten Jahr wird es wieder eine German Conference on Bioinformatics geben.

Informationen zur Bioinformatik

Bei der Bioinformatik hat sich in den letzten drei Jahrzehnten einiges getan, wobei die Grundidee gleich geblieben ist. Mit Hilfe der Informatik und Informationsverarbeitungen will man der Biologie ihre Geheimnisse entlocken. Dafür werden computergestützte Modelle genutzt, um Daten zu sammeln, sie zu analysieren und zu interpretieren. Ein sehr bekanntes Beispiel ist die Entschlüsselung von DNA-Sequenzen, was eine aufwendige Arbeit darstellt.

Genauso werden aber auch andere biologische Phänomene wie beispielsweise Proteine erforscht. Auch über diese Dinge wird bei der Konferenz „German Conference on Bioinformatics“ berichtet. Die Bioinformatik leistet wichtige Beiträge in den Biowissenschaften, unter anderem zur Proteomik, der Genomik und auch der Genetik.

Fazit zur GCB 2012 in Jena

Die Bioinformatik macht oft große Sprünge, was auch an den technologischen Fortschritten liegt. Rechenleistung ist ein wichtiger Faktor für diese Disziplin, die viele Forschungsgebiete umfasst. In Deutschland ist seit den neunziger Jahren die German Conference on Bioinformatics eine wichtige Veranstaltung, die einmal im Jahr stattfindet und bei der sich nationale wie internationale Wissenschaftler treffen, um die Inhalte des Fachs zu besprechen. In diesem Jahr traf man sich für vier Tage im September in Jena, wo die GCB Konferenz auch 1994 schon einmal stattgefunden hat. Einige hundert Wissenschaftler waren vor Ort, die dem umfangreichen Programm gefolgt sind. Die GCB 2013 wird im nächsten Jahr in Göttingen stattfinden.